У Вас в проводках отсутствуют затратные счета, значит, база по налогу на прибыль на этот перерасход не изменится.
А про НДС я Вам написала в другой ветке.
Пусть меня поправят, но подобного рода компенсации должны быть прописаны либо в трудовом договоре, либо в договоре о материальной ответственности и к факту перерасхода должны быть все бумаги, оформленные надлежащим образом, иначе нарушаются права сотрудника