Можно ещё два уточнения:
1) в налоговую отправлялась только ЕУД? Или всё же к ней добавлялась бухгалтерская отчётность? ЕУД не заменяет бухотчетность, пусть даже упрощенную.
2) Что с отчетами в пенсионный фонд и фонд социального страхования, даже «нулевыми»? Возможно, штраф выставил как раз ПФР.