Если автомобиль не использовался индивидуальным предпринимателем в предпринимательской деятельности в рамках определенного спецрежима, то доход от его продажи можно не учитывать при исчислении налога, относящегося к спецрежиму.
Такой доход подлежит обложению НДФЛ, если не соблюдены условия освобождения от налогообложения.
Физические лица производят исчисление и уплату налога на доходы физических лиц исходя из сумм, полученных от продажи имущества, принадлежащего им на праве собственности, и имущественных прав, за исключением случаев, предусмотренных п. 17.1 ст. 217 НК РФ, когда такие доходы не подлежат налогообложению, а также если иное не предусмотрено гл. 23 НК РФ (пп. 2 п. 1 ст. 228 НК РФ).
На основании п. 17.1 ст. 217 НК РФ освобождаются от налогообложения доходы, получаемые физическими лицами за соответствующий налоговый период от продажи иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.
Таким образом, доходы, полученные от продажи транспортного средства, не используемого в предпринимательской деятельности и принадлежавшего налогоплательщику более трех лет, не подлежат обложению НДФЛ.
Если транспортное средство находилось в собственности налогоплательщика менее трех лет, то полученный им доход от продажи указанного имущества подлежит обложению НДФЛ.
Вместе с тем в соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ при определении размера налоговой базы по НДФЛ налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета при продаже имущества.
Имущественный налоговый вычет при продаже имущества предоставляется в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи такого имущества (за исключением ценных бумаг), находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, не превышающем в целом 250 000 руб. (пп. 1 п. 2 ст. 220 НК РФ).
Вместо получения имущественного налогового вычета в соответствии с пп. 1 п. 2 ст. 220 НК РФ налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества (пп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ).
В Письме ФНС России от 07.05.2019 N СА-4-7/8614 указано, что налогоплательщикам разрешено применять освобождение от НДФЛ в отношении доходов от продажи в том числе транспортных средств, непосредственно используемых в предпринимательской деятельности, при соблюдении минимального предельного срока владения и доход от продажи может быть уменьшен на сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества, за вычетом ранее учтенных расходов при применении специальных налоговых режимов (ЕСХН, УСН) или в составе профессиональных налоговых вычетов при исчислении НДФЛ при условии представления в налоговый орган документов, подтверждающих расчет суммы такого имущественного налогового вычета.