Здравствуйте. Заявление о зачете подавать не надо. Заполняя декларацию УСН, учитывайте порядок заполнения. В Порядке заполнения прямо сказано, что в строке 120 раздела 1.2, где показывается сумма минимального налога к уплате, налог отражается за минусом исчисленных авансовых платежей (п5.10 Порядка). При этом общая сумма минимального налога (до уменьшения) должна быть отражена в строке 280 раздела 2.2, а сумма авансового платежа за I квартал — в строке 270 раздела 2.2 и в строке 020 раздела 1.2. Так что проверить правильность расчета минимального налога к уплате налоговики смогут.
В Вашем случае авансовый платеж оказался больше суммы минимального налога, поэтому в декларации по строке 120 раздела 1.2 вы должны будете поставить прочерк.
После ввода декларации в базу налоговиков у Вас в карточке будет переплата по налогу, которую налоговики зачитывают в счет будущих платежей по налогу при УСН.
Учитывая сбои, периодически возникающие в ПО в налоговых, лучше отслеживать выписки из лицевых счётов после ввода деклараций, и если вдруг у Вас появятся пени (а их начисляет программа автоматически), надо идти разбираться на месте.