"Я думала, если Д.С за обучение 2018-2019г составляет 39520 руб" это как понимать? Если вы за обучение должны заплатить 39520, то почему платите 40000? Впоследствии зачтется эта переплата или 480 рублей у нас теперь деньгами не считаются?
Если вы сделали все, как вам посоветовали, и налоговая приняла - значит ждите поступлений на счет через пару-тройку месяцев.