Есть третий вариант, и в журнале БУХ1С приведён пример именно этого варианта. Если на 44 счете завести статью «транспортные расходы», то списывать эти расходы стоит пропорционально остатку проданного товара. Я заводила так, и у меня именно так списывалось (у Вас вообще «зависнет» на 44 счете эта сумма до поступления товара как минимум).
После поступления товара берутся обороты 44 и 41 счётов, и 44 счёт на расходы уходит пропорционально Кт41.