Добрый день, было недавно обсуждение на эту тему. Почитайте, вот ссылка
Сыну, так понимаю, придется уплатить налог. Вам надо было продавать не одним договором купли-продажи, а двумя. Тогда бы у сына тоже было бы право воспользоваться вычетом в 1 млн. рублей и налог платить не пришлось бы. Теперь уже придется заплатить.