Подала заявление ЕНВД-4 на снятие одного их двух объектов с указанием адреса в приложении. НИ сняли...

Ну вообще, если у предпринимателя несколько точек, работающих на ЕНВД, и они все стоят на учете в одной налоговой и закрывается лишь одна из них, то в налоговую инспекцию никаких документов подавать не нужно. Заявление или уведомление законом в этом случае не предусмотрены. В следующей декларации по ЕНВД вы просто должны были указать новые показатели.

Но если у вас одна торговая точка в конкретном районе на ЕНВД (остальные относятся к другим налоговым зонам), оповещать налоговый орган о закрытии нужно. В таком случае как раз нужно снимается с учета в местном отделении налоговой инспекции.

Поэтому я не удивлена, что у вас с учета сняли обе точки...Более того, если вы в вашем заявлении вверху, где надо выбрать какую цифру поставить в окошке вы выбрали 1 – в связи с прекращением предпринимательской деятельности, то вообще ничего удивительного. В данном случае нужно было выбрать цифру 4 – иное.

В этом случае ИФНС должна была снять вас с учета только по конкретному адресу. А не со всех адресов, где располагаются торговые точки. Аналогичного мнения придерживаются чиновники в письме ФНС от 18 декабря 2014 г. № ГД-4-3/26206. Код 1 означает, что вы снимаете с учета все торговые точки, в связи с прекращением предпринимательской деятельности. Если вы указали этот код, инспекторы и сняли вас с учета по всем адресам. Если я права,  то так как ошибку допустили вы сами, жаловаться не имеет смысла. Но вы можете поступить следующим образом. Напишите в налоговую инспекцию письмо в произвольном виде. И попросите инспекторов исправить ошибку. Можете сослаться на то, что цифра 4 в бланке заявления не слишком очевидна, для каких случаев ее применять. Поэтому вы по ошибке перепутали основание, по которому вас следовало снять с учета. Возможно налоговики встанут на вашу сторону.... А возможно и нет...