Добрый день.
Надо «плясать» от первички. Кто сказал, что именно поставщик прав? Я бы первичные документы поднимала и как они в программе отражены.
Если Вы это уже сделали и обнаружили ошибку прошлых лет, так и исправляйте, как ошибку прошлых лет, относя на финансовый результат. В любом случае: будь то ТМЦ или услуги, работы, стоимость их туда бы отнеслась. Есть исключение - приобретение объекта основных средств. В случае, если неверно оприходован документ поступления - занижена первоначальная стоимость, которая на финансовый результат списывается не сразу, а по мере начисления амортизации.