Здравствуйте.
Как могут проверить? Если у Вас адрес регистрации - массовый, налоговикам уже понятно, что Вы по этому адресу не находитесь, равно как и если адрес юридический = адрес руководителя по месту прописки. Ещё даже при встречных проверках могут потребовать договор аренды офиса.
Что касается обособленного подразделения, то если у сотрудников в трудовых договорах место работы сотрудников прописано место работы, отличное от адреса регистрации предприятия, при проверке налоговики могут предписать создавать обособленное подразделение. У моей подруги даже в одном регионе, но в соседних зданиях налоговики посчитали обособкой. У меня лично ситуация иная: склад всегда находился в другом округе Москвы, у сотрудников прописаны места работы по адресу склада, но наша налоговая не делала по этому поводу замечаний (кстати, аудиторы тоже, а было несколько проверок). Не возьмусь решать, что это правильно, но это случай из жизни.