Если работы по договору с чехами нельзя подтянуть под инжиниринговые услуги (инженерно-консультационные услуги по подготовке процесса производства и реализации продукции (работ, услуг), подготовке строительства и эксплуатации промышленных, инфраструктурных, сельскохозяйственных и других объектов, предпроектные и проектные услуги (подготовка технико-экономических обоснований, проектно-конструкторские разработки и другие подобные услуги)), то агентского НДС однозначно не возникает.
Если же "проектные работы" подразумевают что-то из вышеперечисленного, то в отсутствии НДС я что-то сомневаюсь. По договору с чехами покупателем выступает российская организация. В части инжиниринговых услуг место реализации определяется по месту нахождения покупателя, т.е. в данном случае это РФ.
Про длительный производственный цикл забудьте, это не про вас). Во-первых, речь о производителях. Во-вторых, только о тех, которые производят продукцию (работы, услуги) по перечню, утвержденному постановлением Правительства РФ от 28.07.2006 № 468.