Налоговым агентом НДС Вы становитесь, когда производите расчёт с иностранным контрагентом. Вот есть у Вас акт на 120 долларов, даже при частичной оплате Вы из суммы удерживаете НДС:
Платим 50 долларов поставщику (50%), 10 долларов будет составлять НДС в рублевом эквиваленте, на эту сумму по курсу ЦБ на дату перечисления выписываете сами счёт-фактуру агента и перечисляете эту сумму в бюджет. Из собственных средств агентский НДС заплатить нельзя, как и НДФЛ.
У нас были акты расписаны с выделением НДС, но наш учредитель-поставщик услуг обязал нас самих акты составлять, что мы и делали.
Если у Вас не выделяют - приложите к актам справки-расчеты:
Стоимость работ....
В том числе НДС, подлежащий удержанию...
К оплате по акту ....