Скажу от себя: в ЗУП при расчёте больничного вычет программа предоставляет, однако:
1. В соответствии с п.3 ст.210 НК РФ, налоговая база определяется как денежное выражение доходов, подлежащих налогообложению, уменьшенных на сумму налоговых вычетов.
2. В соответствии с п.1 ст.210 НК РФ, при определении налоговой базы учитываются все доходы налогоплательщика (в т.ч. - заработная плата, начисленная до и после больничного).
3. В соответствии с п.2 ст.223 НК РФ, доход в виде заработной платы считается полученным в последний день месяца.
Иными словами, для того, чтобы уменьшить совокупный доход на сумму налоговых вычетов, необходимо сначала этот доход определить, а сделать это можно только в последний день месяца. Поэтому исчисление налогооблагаемой базы по НДФЛ с учётом налоговых вычетов возможно только по окончании месяца.
Т.е. Вычеты, действительно, предоставляются один раз в месяц, но только при окончательном расчёте за месяц.
И если вычет будет предоставлен при расчёте НДФЛ с больничного, а при окончательном расчёте за месяц выяснится, что доход в этом месяце превысил 350000 руб., получится, что при расчёте НДФЛ с больничного вычет был предоставлен неправомерно, и НДФЛ исчислен и удержан неправильно. А чтобы не «попасть на эту удочку», всего то и надо - предоставлять вычеты как положено, только при окончательном расчёте за месяц