Я стесняюсь спросить, а где в 3-НДФЛ указываются сведения о руководителе работодателя?
Не могут отказать в принятии декларации из-за ошибок в заполнении (если не учитывать всевозможные технические сбои в налоговой). Вопросы по содержанию декларации задаются в ходе камеральной проверки.
А вот если с данными подписанта что-то не так, отказать вполне могут.
Сергей1, может вы в своих данных ошиблись?