Добрый день.
Боюсь, в данном случае налоговая права. Автомобиль использовался в предпринимательской деятельности, поэтому доход от его продажи облагается как доход ИП.
Под ЕНВД продажа автомобиля не подпадает. Если вы не подавали уведомление о переходе на УСН, то ваша деятельность, не подпадающая под ЕНВД, облагается по ОСНО. Огорчу вас еще больше: кроме НДС придется заплатить НДФЛ.