Добрый день.
В отчете вы должны показать фактически исчисленный и удержанный налог. В вашем примере в ноябре надо было перечислять за минусом суммы, уплаченной в октябре, вы все правильно понимаете.
Дополню ваш пример. Допустим, в октябре начислен НДФЛ 50000, из них с октябрьских отпускных и больничных - 10000. Эти 10000 перечислены в бюджет в октябре. Значит, в ноябре при выплате зарплаты за октябрь надо было перечислить в бюджет 40000. Вы перечислили в ноябре 50000, т.е. всего за октябрь заплатили 60000, на 10000 больше. При этом из доходов сотрудников вы эти 10000 не удерживали, это просто ваша переплата в бюджет, которую надо вернуть. В 6-НДФЛ вы должны показать только фактически удержанные 50000.