Добрый день!
На мой взгляд, формально налоговая права.
Формы, применяемые фирмами для уведомления налоговой о своих действиях в рамках УСН, утверждены Приказом ФНС от 02.11.2012 г. № ММВ-7-3/829. Они носят рекомендательный характер, то есть можно использовать предложенную форму, но можно уведомить, например, о смене объекта налогообложения и в свободной форме. Однако применение формы рекомендованной для одного действия для подтверждения иного действия (как вышло у вас) не предусмотрено. Какой код налогоплатльщика вы поставили? Там для вашего случая и код-то не предусмотрен.
Уточните в налоговой, может, они предложат вам какой-то выход из сложившейся ситуации.
Ну или у коллег, возможно, будут иные не столько категоричные мнения и положительный опыт в решении подобного вопроса. Мне кажется, налоговая не пойдет на уступки, хотя повод вполне себе формальный.