Если продажа осуществляется через представительство иностранной компании, зарегистрированное в РФ, тогда они действительно могут выписать счет-фактуру, который можно принять к вычету. Если на учете в РФ иностранец не стоит, НДС будет зависеть от признания или не признания местом реализации территории РФ.
Если место реализации - РФ, ваш ИП будет выступать налоговым агентом (кроме случаев реализации электронных услуг). Удержанный у продавца и перечисленный в бюджет НДС можно принять к вычету. Счет-фактура при этом составляется налоговым агентом, т.е. вашим ИП, в одном экземпляре. Продавец счет-фактуру не выписывает.
По электронным услугам, если мне память не изменяет, счета-факуры иностранный продавец не выписывает. Покупатель в книге покупок регистрирует платежный/расчетный документ или договор.