Если стоимость проезда к месту выполнения работ не включена в стоимость договора и договором предусмотрено, что документально подтвержденные расходы компенсируются исполнителю сверх цены договора, не вижу причин облагать их страховыми взносами. Конечно при условии, что исполнитель сам купил билеты, стоимость которых ему компенсируют, и представил подтверждающие документы.
В упомянутом выше письме ФНС речь идет об оплате проезда организацией. В этом случае физлицо действительно фактически не несет расходов.