Документы поступления товаров, материалов (не знаю, чего там еще) оформлены верно? Документы на выдачу денежных средств в подотчет тоже? Сами авансовые отчеты присутствуют, с ними тоже все в порядке?
Если оформлено правильно, то почему не возвращали? Может, директору объяснить? Ну вот не верю, что ей совсем без разницы на 600 тысяч. Может, они думали, что просто оказывают финансовую помощь организации и не в курсе, что эти деньги можно вернуть?
Я бы в данной ситуации обсудила эту проблему с собственником, если у вас есть доступ к ней, конечно.