Не понимаю Вас: если Вы реализацию не удалили - откуда возьмётся переплата?
Представьте, что за весь квартал было всего 2 реализации: верная и неверная.
По каждой сформируется проводка 90.3-68.2 на 1200 руб.
Переплата была бы в случае сторнирования реализации и подачи уточненной декларации. А на данный момент лишь Вы знаете, что лишку бюджету заплатили, и то по учету у Вас этой переплаты нет