Добрый день!
А что у вас с авансовыми платежами за 1 квартал и полугодие?
Минимальный налог, как и налог, рассчитанный, исходя из 15%, можно уменьшать на уплаченные авансовые платежи. Поэтому вы исчисленный 1% можете уменьшить на сумму уплаченных за год авансовых платежей, если вы их делали по итогам 1 квартала и полугодия. Раз за 9 месяцеы вы ничего не уплатили, то и не уменьшаете. Таким образом, уплатив сейчас 1%, вы погасите и задолженность за 9 месяцев. Это произойдет с опозданием, поэтому вам будут начислены пени.
Обобщая: платите 1%, вычитайте авансы за 1 квартал и полугодие (если они у вас были уплачены). Этим платежом вы автоматически гасите и задолженность за 9 месяцев. Пени налоговая посчитает потом.