Добрый день.
Вопрос у налоговой может и возникнет, но, полагаю, что ИП правомерно не включил в налогооблагаемую базу по НДФЛ денежные средства, поступившие за услуги, оказанные на ЕНВД. Эти деньги не имеют никакого отношения к ОСНО.
Официальных разъяснений по вашему вопросу мне, к сожалению, найти не удалось. Косвенно вашу правоту подтверждает письмо Минфина от 21.08.2013 № 03-11-06/2/34243. В нем речь о налогообложении денежных средств, поступивших от деятельности на ЕНВД после перехода на УСН. Минфин говорит, что в налоговую базу по УСН следует включать только доходы от реализации товаров (работ, услуг), проданных после перехода на УСН. Полагаю, что, поскольку при расчете НДФЛ, также как при УСН, применяется кассовый метод, можно использовать это письмо и для расчета НДФЛ.