Добрый день.
Полагаю, что надо ориентироваться на условия договора. Если вы оплачиваете конкретные партии товаров, то не можете зачитывать авансы, перечисленные в счет оплаты за другие партии. Но, если у вас договором предусмотрено, что авансы перечисляются в общий "котел", из которого потом последовательно зачитывается оплата товаров, то учет авансов, принятый вашим поставщиком правомерен.