Добрый день.
Полагаю, вы опечатались и речь, все-таки, о превышении суммы 2 млн.
В случае превышания, налогоплательщик считается утратившим право на освобождение начиная с 1-го числа месяца, в котором было допущено превышение, и до окончания периода освобождения. Таким образом, с 01.04.19 до 31.05.19 вы должны были начислить и заплать в бюджет НДС и пени. При этом вы имеете право предъявить к вычету входной НДС по товарам (работам, услугам), использованным после утраты права на освобожление. Далее, проработав 3 месяца подряд без превышения лимита, можно было вновь заявить об освобождении.
Поскольку по истечении периода освобождения вы представили документы, содержащие недостоверные сведения, вы лишаетесь права на освобождение начиная с 1-го месяца его применения. В результате, вам надо начислить НДС за весь период освобождения, а не только за 2 месяца.