Добрый день.
Основной НПА, регулирующий списание продуктов - Приказ Минэкономразвития России от 07.09.2007 N 304 "Об утверждении Норм естественной убыли продовольственных товаров в сфере торговли и общественного питания".
Воспользоваться утвержденными Нормами списания продуктов можно в случае возникновения расхождения фактического наличия продуктов питания с их учетными данными, то есть в результате недостачи, выявленной в ходе инвентаризации. То есть, как Вы хотите, списывать "втихаря понемногу" не получится - на каждое выявление недостачи нужны результаты проведённой инвентаризации.
Фактическое наличие имущества при проведении инвентаризации оформляется подсчетом, взвешиванием и обмером. Нормы естественной убыли применяются по отношению к продуктам питания, отпущенным со склада за период от окончания проведения одной инвентаризации до начала другой.
Списание естественной убыли продуктов питания производится только после инвентаризации на основе соответствующего расчета, составленного и утвержденного в установленном порядке. Причем размер естественной убыли определяется по каждому наименованию продуктов в отдельности. Результат инвентаризации оформляется Ведомостью расхождений по результатам инвентаризации (ф. 0504092), утвержденной Приказом Минфина России от 23.09.2005 N 123н "Об утверждении форм регистров бюджетного учета".
Если же нормы убыли для определенного наименования продуктов питания отсутствуют - убыль рассматривается как недостача сверх норм.
Убыль продуктов питания в пределах установленных норм определяется после зачета недостач излишками по пересортице. Если после зачета по пересортице, проведенного в установленном порядке, выявлена недостача продуктов питания, нормы естественной убыли должны применяться только по тому наименованию продукта, по которому установлена недостача (п. 5.1. Методических указаний <*>).
Следует обратить Ваше внимание на то, что взаимный зачет излишков и недостач, образовавшихся в результате пересортицы, можно проводить только по ценностям, приобретенным за счет одного и того же источника финансирования.