Я бы попробовала аннулировать неправильный возвратный чек с помощью специалистов ККМ.
Если не выходит. То можно попробывать пробить еще один чек на продажу на сумму ошибочно возвратного чека и сделать по нему возврат уже с учетом скидок, которые были изначально сделаны. В итоге у вса будет 2 поступления, 2 возврата.: постпление со скидкой, возврат без скидки, поступление без скидки, возврат со скидкой. по итогу должен быть ноль. Единственное, что по времени не будут совпадать, по этому поводу написать объяснительнуюи приложить к отчету.