Сейчас есть услуги аккредитованных бухгалтеров, у которых есть право взаимодействовать от твоего лица с налоговой. Пишешь довереннлсть на такого бухгалтера, и он все организует.
У Сбербанка есть сервис, если ты согласен откерыть счет у них, то бухгалтер с сотрудником Сбербанка проходит процедуру выпуска эллектронно-цифровой подписи за 500 руб., и переподпются регистрационные документы в нагологовую.
Короче, регистрация происходит в регионе прописки, а работать можно в другом регионе.