Добрый день.
На мой взгляд есть всего 2 варианта:
1) сторнировать неправильные проводки и сделать новые, правильные;
2) изменить первоначальные проводки и перепровести все документы с начала года.
Правильный первый вариант, но, поскольку вы относили на затраты расходы на создание НМА, и таким образом в течение года занижали налог на прибыль, я бы пошла по второму пути, чтобы 1С автоматически пересчитала налог на прибыль.