Да, Кирилл. Надо писать заявление. Есть утвержденные формы заявления на зачет и возврат. Бланки утверждены приказом ФНС России от 14.02.2017 № ММВ-7-8/182@. Они применяются с 1 марта 2017 года. А формат электронных заявлений утвержден приказом ФНС России от 23.052017 № ММВ-7-8/478@.
Форму заявлений на зачет налогов вы можете скачать по этой ссылке.
Помните, что заявление о зачете переплаты можно подать в течение трех лет со дня уплаты суммы налога на прибыль (п. 7 ст. 78 НК РФ). Если переплата возникла по авансам, то срок в 3 года исчисляется с даты подачи декларации за соответствующий налоговый период (но не позднее последнего числа срока, если декларация была подана с опозданием). (письмо Минфина РФ от 15.06.2012 № 03-03-06/1/309, письмо ФНС России от 21.02.2012 № СА-4-7/2807 ).
После того как вы напишете в ИФНС заявление о зачете налога, они должны будут в течение 10 дней принять решение о том, сделать им зачет или нет (пп.5 и 8 ст. 78 НК РФ). При положительном решении зачет переплаты будет сделан сразу. А на возврат переплаты налоговым органам дается 1 месяц со дня поступления вашего заявления (п.6 ст. 78 НК РФ).