Добрый день!
Не очень поняла, о какой недоплате речь: о пени или об авансовых платежах. Но в любом случае штраф назначается за неуплату налога. У вас же пока речь идет о пени и авансовых платежах (я так полагаю, что за 2019 год?), поэтому штрафа быть не должно.
От какой суммы считается штраф от доплаты по налогу на прибыли по всему авансовому платежу по налогу на прибыль.
Например было оплачено
1 кв 5000
1 полу 8000
Потом доплатили
на 1 кв 2000
за 1 полуг 3000
Итого получилось
1 кв 7000
1 полу 11000
Повторюсь, штрафов за неуплату авансовых платежей не предусмотрено. Они назначаются за неуплату налога, то есть в случае с налогом на прибыль по итогам года. Если вы не уплатите платеж за год, тогда и будет штраф.
За неуплату авансовых платежей применяются санкции - пени.