1.Отношение банков. Это неурегулированность банковского законодательства, но оплата услуг самозанятого гражданина со счета юридического лица банки тарифицируют как "перечисление денег на счет физлица", то есть вывод денег. И применяют немалую комиссию. Банки в курсе нелепости ситуации, но ничего поделать не могут, таковы инструкции ЦБ.
2.Если ИП применяет НПД, то ему идет пенсионный стаж. А если НПД применяет физлицо без статуса ИП, то пенсионный стаж ему не идет (так как самозанятые на платят страховые взносы в ПФР, хоть это и поправимо, можно отдельно уплачивать страховые взносы).
3.Особо оголтелые банки, по непроверенной информации, приостанавливают операции по счетам граждан, не имеющий статуса ИП, если туда постоянно капают деньги от юридических лиц. Делается это по закону "Об отмывании..."
Примерно так, если кратко. Думаю, еще несколько причин можно найти.