Добрый день.
Ничего сложного нет. В 1С вид договора с организацией "А" должен быть "С комиссионером (агентом) на закупку". Тогда при оприходовании оказаных ими услуг в документе "Поступление услуг" под полем для реквизитов счета-фактуры появится поле "Составлен от имени". В это поле забиваете данные организации "Б".