Добрый день.
У ИП все счета его личные и он может как угодно использовать хранящиеся на них деньги. Налоговую это не интересует.
Банки на снятие наличных с корпоративных карт устанавливают повышенные тарифы, поэтому снимать с них деньги банально не выгодно.