Добрый день. НДС платит продавец. Есть некоторые исключения из этого правила, но что-то не припомню, чтобы туда входили автомобили, если, конечно, вы его не в виде металлолома купили).
Ваш продавец именно купил автомобиль у физлица и перепродает вам? Тогда НДС должен быть начислен на всю сумму.
Возможно он выступил посредником? В этом случае он действительно должен начислить НДС только на свое вознаграждение.