Сформируйте один чек с информацией обо всех расчетах за расчетный период, который установлен законом и не превышает календарный месяц. На формирование чека есть 10 дней после окончания расчетного периода.
Если все сроки прошли, то я бы пробила по всем расчетам закрывающие чеки, а в дальнейшем сроки не нарушала.
При необходимости пояснений, напишите в налоговую письмо, что поступали так по незнанию, теперь все делаете верно. Обычно, никаких санкций при таком раскладе не бывает.