Что касается 5-летнего срока владения. При продаже акций после 27.11.2018 не имеет значения когда они были приобретены, т.е. правило о 5-летнем сроке не действует при выполнении одновременно двух условий: акции реализованы до 28.11.2018 и приобретены до 01.01.2011. Вы продаете акции после 28.11.2018, поэтому для вас действует 5-летний срок владения вне зависимости от даты приобретения. Но, для акций, обращаются на организованном рынке, это правило действует далеко не всегда.
Если акции обращаются на организованном рынке ценных бумаг, то правило 5-летнего срока владения действует для:
1) акций российских компаний, составляющих уставный капитал организаций, не более 50% активов которых состоит из недвижимого имущества, находящегося на территории РФ;
2) акций российских компаний, отнесенных к акциям высокотехнологичного (инновационного) сектора экономики, если весь период владения они обращались на организованном рынке ценных бумаг и являлись ценными бумагами высокотехнологичного (инновационного) сектора экономики;
3) акций, отнесенных к акциям высокотехнологичного (инновационного) сектора экономики, если на дату их приобретения они относились к ценным бумагам, не обращающимся на организованном рынке ценных бумаг, а на дату их реализации относятся к ценным бумагам, обращающимся на организованном рынке ценных бумаг, и являются ценными бумагами высокотехнологичного (инновационного) сектора экономики.
В последних двух случаях неважно, какая доля активов состоит из недвижимости, находящейся на территории РФ. Также для этих двух случаев предусмотрен минимальный срок владения 1 год, но только, если акции были приобретены до 01.01.2011.
Если ни один из описанных видов акций – не ваш случай, то доходы от продажи акций, обращающихся на организованном рынке ценных бумаг, облагаются НДФЛ.
Инвестиционный вычет, который позволяет освободить от налогообложения доходы от продажи акций, срок владения которых превышает 3 года, применяется только к доходам, полученным от продажи акций, приобретенных после 01.01.2014. Я понимаю, что это выглядит нелогично, но, тем не менее, это так.
Налогооблагаемый доход можно уменьшить:
1) на налог, уплаченный при получении акций в порядке наследования или дарения;
2) если налог при получении акций не уплачивался, то на документально подтвержденные расходы дарителя (наследодателя) на их приобретение;
3) ваши документально подтвержденные расходы на хранение и реализацию акций, например, услуги депозитария, брокера и т.п.
Как восстановить утраченные документы на приобретение акций вашим отцом, я, к сожалению, не подскажу. Попробуйте обратиться в первоначальный депозитарий, возможно у них сохранились документы, и они сделают вам копии или отчет о совершенной сделке.
Если ваш отец приобретал акции в обмен на ваучеры, есть 2 древних письма Минфина: от 26.03.2008 № 03-04-05-01/81 и от 06.03.2008 № 03-04-05-01/56. В первом сказано «В случае реализации ценных бумаг, полученных в обмен на приватизационные чеки (ваучеры), в качестве расходов на приобретение указанных ценных бумаг может рассматриваться их рыночная стоимость на момент обмена на приватизационные чеки (ваучеры)». Второе письмо кроме того, что подтверждает возможность учета в качестве расходов рыночной цены, говорит о возможности включения в расходы стоимости услуг по оценке рыночной стоимости. Если решите воспользоваться этими письмами, имейте в виду что:
1) Минфин за свои слова, увы, не отвечает. Не факт, что налоговая согласится с их мнением, ссылаться на письма Минфина будет бесполезно;
2) рыночная цена определяется на дату приобретения акций, а чтобы определить эту дату нужно найти документы, подтверждающие сделку.
По поводу убытков. Я их у вас не вижу. У вас две самостоятельные сделки: продажа одних акций и покупка других. То, что эти акции одной и той же компании, значения не имеет. По первой сделке у вас доход, по второй есть расход, который вы сможете учесть при продаже этих акций, если, конечно, документы не потеряете).
Есть налоговый вычет в сумме денег, внесенных на индивидуальный инвестиционный счет. Максимальная сумма вычета 400 тыс.руб. Если вы до конца года вы внесете деньги на такой счет, то сумму налога, исчисленного с продажи акций, можно уменьшить за счет этого вычета.