Добрый день!
Нет, налоговая не попросит заплатить налог с денег, пришедших от PayPal на расчетный счет. Налоговая просит заплатить налог с доходов (в вашем случае. У вас же УСН 6%?), а не с чего попало. А свой доход вы отражаете в КУДиР в момент поступления денег от покупателя. То есть доход уже отражен. Двойное налогообложение не предусмотрено.