По хорошему вы должны были получить счёт фактуры на авансы, отразить их в книге покупок и заявить сумму НДС на вычеты. А уже после поставки отразить их в книге продаж и отнести к налоговой базе.
Сейчас же у вас возникает такая ситуация, что выписывая счёт фактуру на возврат аванса вы должны отразить её в базе и заплатить налог. Но это же ваши средства, дохода вы не получили,подтлиу не должны платить НДС.
Тут либо вообще ничего не делать. Либо переделывать все полностью и подавать уточненки.