При покупке товара у физлица по договору купли-продажи ИП не является налоговым агентом по НДФЛ....

По п. 1 ст. 226 НК РФ ИП действительно является налоговым агентом по НДФЛ в отношении выплаченных физлицу доходов, то есть должен исчислить, удержать и уплатить НДФЛ за физлицо. Согласно п. 2 ст. 226 НК РФ исчисление и уплата налога осуществляется в отношении всех доходов, полученных от налогового агента. По отдельным видам дохода есть особенности исчисления НДФЛ, установленные другими статьями НК. Например, пп. 2 п. 1 ст. 228 НК РФ гласит, что исчисление и уплату налога производит физлицо при продаже имущества, принадлежащего ему на праве собственности. Если имущество принадлежит физлицу более трех лет, то налог не уплачивается.

То есть в вашем случае физлицо продает вам имущество, принадлежащее ему на праве собственности. Значит, он самостоятельно исчисляет НДФЛ, уплачивает его и представляет отчетность в налоговую. Если, конечно, это имуществн принадлежит ему менее 3 лет.