Добрый день!
ООО на УСН вообще не должны выставвлять счет-фактуру ни на аванс, ни на что иное. Ну за исключением тех случаев, когдав НДС на УСН необходимо уплачивать.
Тут возникает вопрос: вам произвели оплату по договору, верно? Договор ваш? В нем выделен НДС? Зачем? Такая договоренность с покупателем? Или это ошибочное указание НДС в платежном поручениии? Опишите предысторию. Хотя даже если и была договоренность с покупателем об НДС, счет-фактуру на аванс выставлять не надо. Вы его потом не зачтете.