Органицация (УСН 6%) получила беспроцентный займ от учредителя 10 млн рублей, закупила...

Немного не понятен вопрос. Вы купили оборудование, которое поставили на учет, как основное средство? А потом продали его?

В расчетах налоговой базы при УСН, по общим правилам налогового законодательства, участвуют доходы от реализации. Это в полной мере касается и хозопераций по реализации упрощенцем ОС (п. 1 ст. 346.15 НК РФ), выручка от продажи которого — поступления как денежные, так и натуральные (п. 1 ст. 346.15, п. 2 ст. 249 НК РФ). Иными словами, доход от продажи ОС состоит из любых поступлений, полученных «упрощенцем» по договору поставки ОС (деньги, другое имущество, векселя и т.д.).

При этом учет дохода производится «упрощенцем» в сумме, которая указана в документе, свидетельствующем об исполнении договорных условий. Что касается даты получения дохода, по нормам п. 1 ст. 346.17 НК РФ это будет дата прихода денег на банковский счет вашей фирмы или в кассу.

А так как у вас УСН «Доходы», то в данном случае при расчете налоговой базы затраты на покупку ОС участвовать не будут — об этом говорит п. 1 ст. 346.18 НК РФ.

Таким образом, при работе на упрощенке с объектом «доходы» выручку от продажи имущества принимают в состав налоговой базы по единому налогу.