По факту у вас сейчас по данным кассового аппарата недостача. Недостача - это не нарушение, и ее наличие не свидетельствует о неприменении ККТ и не является поводом для штрафа. Попробуйте сделать обратный чек, то есть с типом приход. Можно для перестраховки заполнить дополнительный реквизит чека с указанием в нем фискального признака первоначального ошибочного чека.
Насколько мне известно, пробить чек коррекции также можно, если не удастся пробить приход ,при этом надо написать объяснительную в налоговую, что иного способа исправить ошибку нет, ввиду ограничений ПО.