Добрый день.
Всё зависит от ваших отношений с Google Play и App Store. Если в соглашении удерживаемая ими сумма обозначена как комиссия/вознаграждение и т.п., то 6% вы должны платить с полной суммы, включая сумму вознаграждения.
Статья 251 НК, на которую вы ссылаетесь, к вам не имеет никакого отношения. В вашем случае посредниками являются Google Play и App Store, т.е., если бы они являлись российскими компаниями, то в своих доходах учитывали бы только 30% комиссионных, а не всю поступившую к ним от покупателя сумму.