Автору вопроса напоминаю, что визит в налоговую дл явозврата излишне уплаченных сумм НДФЛ стоит делать лишь после сдачи отчётности, отражения начислений в лицевых счетах и с выпиской из лицевых счетов, в которых будет переплата.
А по-другому, к сожалению, не получится: в лицевых счетах Вашей организации отражены только перечисленные суммы с переплатой, которая "схлопнется" только после того, как Вы отчитаетесь по начисленным налогам.
Тогда налоговики и увидят - действительно у Вас излишне уплаченная сумма и каков её размер.