Дело в том, что ИП передал безвозмездно ООО имущественное право на пользование ОС. Если в договоре...

Здравствуйте, а вы понимаете, да, что дарение запрещено между коммерческими организациями (ст. 575 ГК РФ)? Бесплатная передача товаров возможна только в отношение некоммерческих организаций (учреждений, фондов и т.д.). В остальных случаях данные договоры могут быть признаны ничтожными по заявлению заинтересованной стороны. ФНС так же может инициировать признание недействительными договоров дарения и применении последствий недействительности сделок. Тем более, что если в договоре прописано, что сырье теперь ООО может закупать только у данного ИП. Мне кажется, что в этом случае договор уже будет не безвозмездным.

К тому же, при безвозмездном получении имущества у ООО возникает налогооблагаемый доход в размере рыночной цены полученного имущества.
При возмездной передаче имущества ООО и ИП могут согласовать его стоимость и уплатить с нее налог. При безвозмездной передаче имущества такой возможности нет.
Рассмотрите возможность продажи имущества по согласованной цене. Это проще, чем потом возиться с определением рыночной стоимости имущества, которую нужно обосновать. А дальше, конечно, сами решайте, как будет лучше для вас :).