Налоговую базу могут уменьшать 2 типа имущественных вычетов по жилой недвижимости (ст. 220 НК РФ).
1) Вычет при покупке жилья (2 000 000 руб.). Этот вычет предоставляется только один раз в жизни. И условия применения содержат ограничение: нельзя получить вычет при покупке жилой недвижимости у близкого родственника. То есть, на данный вычет мать из вопроса права не имеет.
2) Вычет при продаже жилья. Бывает в 2-х вариантах. Вариант 1, если нет документального подтверждения расходов на покупку, это 1 000 000 рублей. Вариант 2, если есть документы, подтверждающие покупку и оплату той недвижимости, которая продается: это расходы на покупку. И по этому вычету ограничений по родственным связям в ст. 220 НК РФ не прописано. То есть, если у матери есть договор купли-продажи, подтверждения передачи денег за квартиру сыну, то она вполне может при продаже этой квартиры поставить в вычет стоимость покупки.
В завершение добавлю, что это 2 разных вычета, между собой никак не связанные. Путать и смешивать их в одну кучу не надо ))