Добрый день.
Амнистии подлежит задолженность, образовавшаяся на 01.01.2015. Транспортный налог за 2014 год начисляют в 2015, поэтому на 01.01.2015 его в составе накопившихся долгов нет.
В какой базе появилась ваша машина? В базе налоговой или ГИБДД? Если в базе налоговой, то не может быть речи ни о каком начислении налогов за период снятия машины в ГИБДД. Если в базе ГИБДД, то вообще непонятно, как такое могло произойти. У вас какие-нибудь документы, подтверждающие факт снятия машины с учета, остались?