Добрый день!
В принципе, как только выдали топливную карту или собственником стал другой человек, систему надо было менять. Так как выплачивать компенсацию можно только собственнику имущества, и в сумму компенсации входит и компенсация за ГСМ.
А что вам даст замена путевых листов? Я не могу сообразить. Там же, вроде, собственник не указывается. А ваш сотрудник действительно совершал указанные там рейсы. Вопрос в том, на каком основании вы пользовались этим авто. Собственно изначально, когда перестала выплачиваться компенсация, факт использования машины никаким образом не был отражен в учете?
По поводу подотчета. Сотрудник никак не отчитался по этим деньгам? Чек на бензин не предоставил? То есть эти деньги висят на нем на 71 счете или их как-то закрыли? Если не закрыли и подотчет висит, то речь о НДФЛ и прочих начислениях не идет. Это долг сотрудника перед организацией, который он может вернуть.
1200 – это лимит компенсации за использование личного имущества при расчете налога на прибыль. Реально компенсацию выплачивать можно больше.
Но как вам коллеги уже посоветовали, то аренда авто наиболее удачный вариант. И с путевыми листами прекрасно учитывается в расходах весь бензин, а не только в пределах лимита. И при командировке тоже. Тем более, что компенсация уже не работает, так как это уже не личное имущество сотрудника.