Микрофинансовая организация - это юридическое лицо, которое осуществляет микрофинансовую деятельность и сведения о котором внесены в государственный реестр микрофинансовых организаций.
Кредитная организация - это юридическое лицо, которое для извлечения прибыли как основной цели своей деятельности на основании специального разрешения (лицензии) Банка России имеет право осуществлять банковские операции.
Вот вам и разница.